Τον Ιούλιο του 1943, όταν είχε πλέον φανεί ότι ο πόλεμος θα έληγε με νίκη των Συμμάχων, το Μεγάλο Φασιστικό Συμβούλιο απέλυσε τον Μουσολίνι, ο οποίος, με διαταγή του βασιλιά, συνελήφθη.
Τον απελευθέρωσαν γερμανοί κομάντος και ο Ντούτσε επιχείρησε να ανασυστήσει το φασιστικό κράτος στη Βόρεια Ιταλία. Αλλά δεν πρόφτασε. Οι Σύμμαχοι, που είχαν ενωρίτερα αποβιβαστεί στη Νότια Ιταλία, ήδη προήλαυναν προς βορράν, και ο Μουσολίνι, μεταμφιεσμένος, αποπειράθηκε να διαφύγει στην Ελβετία.
Στις 26 Απριλίου 1945 τον συνέλαβαν ιταλοί αντάρτες, οι οποίοι, ύστερα από δύο ημέρες, τον εκτέλεσαν μαζί με την ερωμένη του Κλάρα Πετάτσι που ήταν μαζί του. Τα πτώματά τους μεταφέρθηκαν στο Μιλάνο, και εκεί, σε κεντρική πλατεία της πόλης, κρεμασμένα ανάποδα, παραδόθηκαν στη χλεύη του πλήθους.
